負責呼吸道疾病之診治、加護病房呼吸治療、居家呼吸器療護、戒菸門診、氣喘病人之衛教等業務。備有先進的肺功能、支氣管鏡、胸腔超音波及氣喘敏感激發試驗等。

以各式心電圖儀、完整的心臟超音波及最先進的心導管等檢查儀器為心臟血管疾病患者做最好的診療。本院心導管室目前除可做一般診斷檢查外，更可進行冠狀動脈血管氣球擴張術、心律調節器置放等侵襲性治療，未來還繼續發展電氣生理燒灼術，提昇心臟內科的醫療品質。

本科長期服務嘉義地區民眾，目前有9名胃腸肝膽專科醫師，規模為嘉義地區之首。儲備有最新彩色都卜勒腹部超音波，電子顯微鏡胃腸鏡，窄頻光早期癌偵測系統，高頻內視鏡超音波探子，逆行性膽胰管內視鏡等尖端診療設配之外，也備有最新抗BC肝病毒藥物及長效型干擾素以治療慢性肝炎患者。另外本院成立的保肝小組，更以個案管理的方式對慢性肝炎、肝硬化及肝炎工全面性的照護。

除提供一般腎臟疾病門診、住院檢查與治療外，設有嚴格醫療品質管制之血液透析室，共65床，備有最新機種之洗腎機，可做血液透析治療、血液灌流、血漿置換術、連續性可攜帶性腹膜透析等，每天分三班服務約150人次之尿毒症病患。另外，針對腎臟病變可提供腎臟切片檢查，以診斷特殊腎絲球腎炎或腎間質炎病變。

目前擁有腦波、肌電圖、神經傳導、誘發電位、腦血管超音波、腦血管攝影、電腦斷層、核磁共振照影等儀器，可為中風及各種神經病變患者做最好的醫療服務。

提供各種過敏疾病之診斷及相關過敏原的檢測；各種免疫疾病的臨床診治和完整免疫功能與血清實驗學的各類檢查，包括抗核抗體、類風濕性因子到近年來診斷類風濕性關節炎很重要的抗環瓜胺酸抗體（Anti-CCP）。本科專長為各類骨關節軟組織問題如常見痛風、肩膀痛、關節腫痛、下背痛等正確的診斷治療。亦提供骨質疏鬆的諮詢保健及後續治療。

診治血液病及惡性腫瘤之相關疾病，負責院內癌症病友之化學治療及標靶治療與會診。現有病床45床，並設有骨髓移植室，引進高效率過濾網（HEPA Fliter）備有符合太空總署落塵數少於100及之無菌室，以及保護隔離病房提供缺乏免疫病友的安全照顧。

為內分泌糖尿病專科，提供糖尿病、痛風、高血脂、骨質疏鬆症、高尿酸、甲狀腺疾病之診斷治療，並成立了內分泌功能室，提供內分泌疾病檢查，例如：腦下垂體疾病、腎上腺疾病、生長發育遲緩及性早熟疾病等。肥胖症更有專業的醫學減重門診為您服務，並有「糖尿病人保健推廣中心」及「嘉義區糖尿病共同照護網」從事糖尿病衛生教育宣導，提供糖尿病患者日常生活保健衛教及諮詢。

負責感染科之門診、住院及相關疾病之診療，各科病患感染病症的會診。配合醫院感染管制委員會，負責院內感染管制政策製訂及宣導、全院感染之監測及預防、抗生素使用之管制。配合衛生署之NISS系統（全國院內感染監測）做傳染疾病之通報、防治之調查及研究，參加醫策會TCPI（台灣品質指標計劃）策劃有關感管品質事宜，並協助嘉義區域醫療網的感染管制工作之訓練，為可訓練感染管制師之醫院。

本院面對高齡化社會之快速演變，成立老年醫學運用跨團對運作模式，包含醫師、護理師、社工師、物理、職能治療師、藥師、營養師等團隊，以老人為中心提供周全性、持續性照護，協助改善老人良好的功能狀態，維持老年人獨特性進而增進老年人之生活品質。